截至2020年7月，克孜勒蘇柯爾克孜自治州轄阿圖什市、阿克陶縣、烏恰縣、阿合奇縣3縣，下轄3個街道、39個鄉(xiāng)鎮(zhèn)（場）。自治州州府是阿圖什市，政府駐阿圖什市帕米爾路西3院。

縣級市

1.阿圖什市

阿圖什市是新疆克孜勒蘇柯爾克孜自治州的首府，阿圖什市，素有"無花果之鄉(xiāng)"美稱，位于新疆維吾爾自治區(qū)西南部，天山南麓，土地面積1.55萬平方公里。

縣

2.阿克陶縣

阿克陶縣，隸屬于新疆維吾爾自治區(qū)克孜勒蘇柯爾克孜自治州，阿克陶縣地處新疆維吾爾自治區(qū)西南部，面積24176平方公里，是中國最西端的縣級行政區(qū)。

3.阿合奇縣

阿合奇縣，屬于新疆克孜勒蘇柯爾克孜自治州下轄縣，位于西部天山南脈腹地，全縣總面積約1.15萬平方千米。

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